扁平苔藓病因尚未明确，无针对性治疗或所谓特效药，难以根治。目前认为其病因可能与局部免疫和精神因素有一定关系，仅可通过治疗缓解症状。扁平苔藓存在癌变潜能，但癌变率较低，大概不到1%。

用药治疗控制症状为扁平苔藓治疗的一方面，在扁平苔藓的治疗中，更重要的为定期随访。需定期去看医生，医生会根据扁平苔的表现来判断是否存在癌变可能，以便能早期进行处理。扁平苔藓并不是只需吃药就可痊愈，应去医院进行定期检查，此为其治疗中较重要的方面。