引起上牙膛疼痛的原因较多。常见是由于食物刺激，如食物过烫或划伤局部黏膜造成。局部黏膜可能因为其它疾病导致损伤，如带状疱疹，其中三叉神经带状疱疹占带状疱疹的20%，如果分布于腭部，可以伴有神经痛，疼痛较为剧烈。

手足口病属于儿童传染病，病变发生在腭部会引起上牙膛疼。口腔念珠菌病、球菌性口炎以及接触性口炎等病损，如果发生于上牙膛部位，均会引起不同程度的疼痛。还有口腔溃疡位于上牙膛部分也会引起疼痛等，所以上牙膛疼痛主要是由多种病损发生于上腭部引起。