腘窝囊肿是因腘窝部滑膜囊异常分泌滑液发生自我膨大，如果采取穿刺方法将滑膜囊内积液抽出，腘窝囊肿暂时变小，不会影响膝关节屈膝以及下蹲等功能。一段时间后滑液可能导致腘窝囊肿变大，此时还可以继续采取穿刺方法抽出积液。此类治疗方法可以反复多次，直到腘窝囊肿积液消失。后期腘窝囊肿积液可以变为果冻状，此时再考虑手术治疗。

腘窝囊肿属于肢体包块，一般肢体出现包块时先考虑进行手术切除。腘窝囊肿患者可以不开刀进行治疗，例如身体状况不适合手术治疗或患者年龄较小，可以暂时采取保守治疗方法。