右肾囊肿最佳治疗方法，应根据囊肿大小及有无并发症决定。如果囊肿较小，直径在4cm以下，并且患者没有任何伴随症状，通常可先行随访、观察，每年常规进行B超检查，测量囊肿大小即可。但应具体情况具体分析，因为囊肿具有分级系统，即Bosniak分级，如果囊肿生长异常，如存在分层、分格或内含异物，存在囊性肾癌可能，需进行增强CT甚至提前进行肾部分切除术治疗。
如果囊肿只是单纯较大，直径≥5cm，建议进行微创手术治疗，通常服药效果不佳。手术现在推荐做腹腔镜囊肿微创手术，在后腰部打3个孔，进入后先将肾囊肿进行分离，再将囊肿突出肾脏外的部分剪掉。剪掉之后再检查囊肿壁内是否光滑，若没有破损且无异常情况，则30-60分钟可结束手术，术后1-2天即可出院。
