全身肌肉萎缩分为神经源性肌肉萎缩和肌源性肌肉萎缩，神经源性的肌肉萎缩较常见的有运动神经元病，又称为肌萎缩侧索硬化。运动神经元病为脊髓前角细胞受损之后，变性、凋亡后导致肌肉无力、萎缩以及肌肉的跳动。还有其它神经病变导致的肌萎缩，包括慢性的格林-巴利综合征，即CIDP(慢性炎性脱髓鞘性多发性神经根神经病)，由于长期周围肌肉的失神经营养导致肌肉萎缩。
还有某些遗传性疾病，如脊髓性肌萎缩症(SMA)也会出现全身肌肉萎缩。肌源性的全身肌肉萎缩也较多见，如先天性肌营养不良，或其它的进行性肌营养不良、强直性肌营养不良，以及多发性肌炎、多发性皮肌炎引起全身肌肉病变，长时间后也会出现肌肉萎缩。另外线粒体疾病等，也会出现肌肉萎缩，
