卵巢囊肿的治疗方法有：

1.如果是生理性囊肿，即囊肿比较小，无症状并且超声检查为良性，肿瘤标志物含量正常。建议观察，无需治疗；

2.如果通过鉴别囊肿为炎性，可以进行药物和理疗治疗；

3.如果囊肿为恶性肿瘤或者是有癌变倾向的囊肿，需进行手术治疗；

4.有卵巢肿瘤遗传基因者需要进行手术治疗。