近视眼准分子和飞秒激光手术的主要区别在于手术中角膜瓣的制作方式不同，准分子激光手术是用刀来做角膜瓣，而飞秒激光手术是用飞秒来做角膜瓣。相比较而言，飞秒激光手术创面更小，恢复更快，更安全。从费用上讲，飞秒激光手术比准分子激光手术价格相对更贵。