在三甲级医院尖锐湿疣应该挂皮肤性病科，因为它是由HPV感染造成的皮肤黏膜的疣状损害，从医学上是属于皮肤性病科的，是皮肤性病科里一个经典的性传播疾病。各个地方可能规定不太一样，如果在级别比较低的医院可能没有这方面专业的医生，经验也不足，所以可能没有设置皮肤性病科，但目前存在多点执业的情况，很多有经验的医生可坐诊，那么与着这个医生去挂相关的皮肤性病科也是可的。但是很多医院皮肤性病科，尤其基层医院在这个方面经验不足，那么治疗疗效就要相对差一点的。
之所以建议要去三甲医院的皮肤性病科就诊，是因为尖锐湿疣属于一个经典的性病，三甲医院的医生除了治疗尖锐湿疣之外，可能还会建议检查艾滋、梅毒、淋病、生殖器疱疹或其它性病的可能。三甲医院的医生考虑可能比较全面一点，对于这个疾病治疗比较彻底、全面，疗效相对好一点。