房间隔缺损的心电图特点和房间隔缺损的大小有关系，小型的房间隔缺损心电图可以表现得轻微异常，甚至是正常。较大的房间隔缺损因为伴有右心房和右心室的肥大，典型的心电图表现可以为心电图的右偏，还有不完全性或者是完全性右束支传导阻滞、P波增高或者是增大、PR间期的延长。

原发孔房缺也可以见于电轴的左偏及左心室的肥大，症状相对比较严重。出现心衰的患者可能会伴有心肌劳损，也就是ST波的改变。中老年患者出现室上性心律失常也相对比较常见，起初可以表现为阵发性的房颤，后期房颤可以持续存在。