奥利司他减肥药主要通过抑制脂肪吸收而发挥减肥效果，使用过程中的副作用，主要和药理学作用有一定的相关性。主要的副作用表现在胃肠道，患者可能会出现胃肠道排气增多、胀气增多，也可能会出现腹泻、脂肪泻及油性斑点大便。

这些胃肠道反应主要发生于用药初期，比较轻且大多数一过性，患者可以通过改变膳食结构来减少副作用的发生，比如可以减少脂肪摄入。减少脂肪摄入之后，粪便中的脂肪、胃肠道内的脂肪也会有所减少，一方面有利于临床治疗，另一方面也有利于减少奥利司他所导致的不良反应。