碳酸氢钠属于碱性溶液，可以起到辅助治疗口腔真菌感染的作用。碳酸氢钠漱口可以使口腔形成碱性环境，而真菌不适应碱性环境。因此虽然碳酸氢钠无法抗真菌，但可以抑制真菌的发展。

鹅口疮、义齿性口炎等真菌感染患者，可用碳酸氢钠漱口，义齿性口炎患者还可用碳酸氢钠漱口水浸泡假牙抑制念珠菌生长。此外，真菌感染的患者需给予抗真菌药物进行治疗，如制霉菌素、克霉唑等。病情比较严重患者，需给予氟康唑等口服药物进行治疗。