病毒性脑膜脑炎经过正规治疗，大部分患儿可恢复的较理想，但部分会留有不同程度后遗症。病毒性脑膜脑炎的后遗症包括：

1、运动落后，部分病毒性脑膜脑炎经过治疗，病毒感染得到控制，但对脑细胞造成一定的损伤，损伤大脑皮层的运动区或认知感觉区，可出现运动方面的落后或不协调；

2、智力的问题，病毒感染或病变部位损伤到大脑皮层的感觉区和认知区，患儿智力会受到不同程度的影响，出现反应迟钝、轰鸣，对外界的声音无反应或反应慢，认知障碍、学习困难或学习能力丧失；

3、大脑皮层神经元的异常放电，即癫痫。