肛瘘是直肠下端和肛门周围的感染造成，从解剖结构上说，肛门处有一个齿状线，上部属于直肠黏膜，下部属于肛门皮肤，此处有一条锯齿状的分割线，内部有许多小的肛隐窝和肛腺，肛腺开口朝上，会与大便的排出形成对冲，造成感染，导致肛门周围松软的脂肪组织形成脓肿，薄弱部位自行溃破，部分患者须到医院进行切开引流，因此形成了一个完整的肛瘘。