纤支镜可以检查的疾病包括支气管肺癌，也称为中央型肺癌，包括气管的肿瘤、支气管的肿瘤、支气管内膜结核、支气管的异物，还有不明原因引起的咳嗽、咯血、下呼吸道感染，下呼吸道感染患者取痰标本有利于提取肺部感染的细菌学证据。

还有部分弥漫性肺部疾病的检查，主要是肺泡蛋白质沉积症、肺泡细胞癌，支气管肺泡灌洗后给予明确诊断。在重症监护时，给予患者纤支镜下吸痰，收集痰液标本，上述情况下使用纤支镜效果较好。