头孢克肟和阿莫西林都属于抗菌药物，临床上一般不建议同时使用。两种抗菌药物的抗菌机制相同，头孢克肟属于头孢菌素类药物，阿莫西林属于青霉素类药物，头孢菌素和青霉素类药物属于β-内酰胺类抗生素，通过抑制病原菌细胞壁的合成起到抗菌功效。

头孢克肟属于第三代头孢菌素类药物，属于广谱头孢菌素类药物，阿莫西林属于广谱的青霉素类药物，临床上通常不会联合使用。治疗感染性疾病时，通常选择单一药品进行治疗，当单一药品不能很好的治疗感染或出现耐药菌时，才会同时使用两种药物。这时会选择作用机制不同、抗菌谱具有一定差异或者具有协同作用的两种药物，头孢克肟和阿莫西林在临床上通常不会一起使用。抗菌药物涉及到的品种较多，具体选择何种药物或者是否需要联合使用，一定要遵照医嘱执行。