肢端肥大症对内脏器官以及骨关节均有一定影响，易导致外形改变。早期很难通过外貌自我识别，随病程延长，外貌改变逐渐明显。另外还易出现其他系统合并症，如糖尿病、肢大性心脏病、心肌病、肢大性骨性关节炎、肢大性呼吸系统疾病等。如出现多系统严重合并症，还会影响患者的自然生存时间。研究表明，未经治疗的肢端肥大症患者，从发现到疾病终末期，预期寿命不超过15年，因此建议早发现、早治疗。