小便时尿道疼痛的原因有以下方面：

1、外伤、大手术、留置过尿管、进行过尿道器械检查等；

2、尿道炎症，炎症感染后每个人的症状表现不同，这与导致炎症的致病菌种类有关，有的人表现为尿道痒，有的人表现为疼痛，如果出现这种疼痛合并尿频、尿急等症状时，建议尽早到医院做尿常规检测，明确感染的严重程度。