小儿川崎病发病原因目前尚未明确，一般认为与以下几点有关：

1、细菌、病毒、衣原体、立克次体等病原体感染，引发免疫性炎症反应，如发热，高热持续不退、血沉增快等；

2、川崎病呈明显季节性特征，春夏发病率较高；

3、地方的小流行性，由一些感染性疾病引起；

4、家族遗传基因引发的易感性，如直系亲属间的基因遗传。