川崎病大多数患者都能根治，而且很少复发。但早期有冠脉扩张或心肌炎等川崎病并发症时，积极治疗后会好转，但部分会留下心血管扩张或冠脉瘤等后遗症，这种症状能持续1-2年，甚至后期引发冠状动脉硬化心脏病。所以如果没有心血管并发症都能根治，但有并发症时就比较难根治。另外，现在有报道中提到，一些携带遗传基因的孩子，也会有少量复发。