贲门癌的手术费用与所在地区、医院级别、个体病情有关，尤其地区之间差别较大，县级医院手术费用在2-5万元，北京、上海等大城市治疗费用在8-10万元。

但大部分费用在医保报销范围内，自费费用约为2-3万元。若采用腹腔镜手术或机器人手术，需要产生额外费用。其中机器人手术，即达芬奇手术系统，可额外产生3-5万元费用。