严重的新生儿肺炎，可能会有肺功能损伤的后遗症，新生儿肺炎常见于以下类型，不同类型的新生儿肺炎所产生的后遗症也有所不同，具体情况如下：

1、非感染性肺炎：多见于新生儿羊水吸入性肺炎、新生儿胎粪吸入性肺炎与胎粪吸入综合征等。肺内的羊水常容易吸收，一般不伴有感染。严重的胎粪吸入综合征可以引起胎粪颗粒在小肺泡与支气管中堵塞，导致局部肺不张，也可以引起气胸，肺大疱等病变，可以导致呼吸窘迫综合征、持续胎儿循环等严重的并发症。远期由于有ARDS(呼吸窘迫综合征)的改变，渗出物可能会富含纤维素，造成部分肺泡与支气管的堵塞，可能会丧失部分功能，形成所谓的远期的肺功能损伤；

2、感染性肺炎：重症感染性肺炎也会导致呼吸窘迫综合征，继发性的呼吸窘迫综合征可以因为严重的渗出，导致肺功能产生严重的损伤。渗出物可能会导致部分支气管严重堵塞，也可以引起远期的肺功能损伤，导致肺局部的纤维化，称为所谓的后遗症。出现上述症状的新生儿在成长中可能会重复罹患肺炎、肺部感染，体质会较弱，更容易感冒生病。需要进行呼吸功能的锻炼，增强肺功能，从而避免日后重复罹患肺炎。