肛瘘手术费用包括手术、麻醉、术前检查及术后消炎、护理等费用。单纯肛瘘切除手术，费用相对较低，约为4000-5000元。单纯肛瘘挂线手术约为6000-7000元。

复杂性肛瘘由于手术复杂，故费用较高。部分患者术前需治疗原发疾病，以免影响手术效果，如调节血糖至正常，或先行治疗原发疾病至可行手术，此类患者由于术前准备较多而费用相对较高。