三叉神经痛的病因较多，但确切病因尚不明确。临床普遍认可神经走行过程中，由于动脉波动刺激神经而引起疼痛。国内外进行大量的相关临床研究、基础研究，认为有以下几种假说：

1、中枢性因素：颅内神经出现病灶，引起三叉神经痛；

2、周围性因素：神经从颅内向外传出的过程中，遇到骨刺、寒冷刺激，以及肿瘤压迫引起疼痛。