先天性心脏病手术后是否遗留后遗症取决于技术，也取决于患者的一些情况。在技巧越高的医院进行手术，可能患者后遗症越少，但如果病情很复杂，手术技术再高超，也不可避免会有后遗症，比如大动脉转位患者可能本身传导系统就紊乱，手术中可能会影响传导系统。无论手术如何设计，都可能对传导系统造成不可避免的损伤。

先天性心脏病手术后其它一些并发症包括气胸、合并感染、出血等，还有术后患者可能发生心衰以及电解质紊乱等，以上后遗症在术后经过实时观测、监测，大部分都可以治疗，在短期内恢复。手术实际上是最重要的一个环节，如果把控好，能够在治疗中达到完全性生理性救治，大部分都可以渡过难关，得到康复。