非梗阻性无精子症部分患者存在遗传异常，概率在10%-15%，如克氏征，Y染色体微缺失的患者。克氏征的患者生育的子代，染色体核型基本健康。Y染色体微缺失的患者，如生育男孩则会遗传，女孩则是健康的。梗阻性无精子中的双侧输精管精囊缺如，存在遗传缺陷，为父亲携带致病基因，如果母亲亦携带遗传致病基因，小孩则显示异常。如母亲是健康的，则孩子是正常的。