任何手术都存在一定的风险，听力重建术可能有麻醉风险、面神经损伤和内耳损伤的风险。由于先天性小耳畸形患者常伴有面神经和中耳解剖的异常，所以其进行外耳道听力重建术的风险相对较高。由于患者术后容易出现外耳道的瘢痕增生、外耳道狭窄和远期听力下降等并发症，所以临床上建议瘢痕体质的患者不要进行外耳道听力重建术，尽量选择人工听觉植入。