间质瘤组织学病理没有绝对良恶性，而是评判风险高低。1cm以内胃间质瘤一般认为呈现良性特征，但需病理学活检评估风险。黏膜下肿瘤相对胃镜活检比较困难，特别是在肿瘤较小情况下，很难通过胃镜第一时间获得组织学病理。只有通过特别技巧才能取得活检组织，病理学分析核分裂象、镜下组成类型，由此评估间质瘤风险分级。