宫外孕的主要原因，是由于胚胎没有种植在应该种植的宫腔，而种植在其他地方。如常见的输卵管妊娠，是由于胚胎种植在输卵管，而宫角妊娠、宫颈妊娠或者腹腔妊娠，也是同样由于胚胎种植的部位没有在宫腔导致。具体又可由于输卵管功能问题，常见的是有输卵管的炎症，或者出现子宫内膜异位症时。输卵管由于炎症的作用，输卵管结构遭到破坏，从而导致不能够正常输送受精卵到宫腔。所以当受精后6-7天，受精卵应被输送到宫腔种植到宫腔时，有可能还在输卵管，这时胚胎可能种植在输卵管，从而出现输卵管的妊娠。

常见的输卵管妊娠是壶腹部的妊娠。另外当有宫内节育器同时合并妊娠时，由于节育器影响胚胎在宫腔的种植，受精卵可能游离到其他地方，从而导致出现宫外孕。还有在辅助生殖时，由于额外使用激素，激素同样可能影响输卵管的正常功能，从而导致出现宫外孕的几率明显增加。