口腔溃疡发作时最好不洗牙，因为发生口腔溃疡会引起疼痛，特别是发生疱疹性口炎时，存在多个溃疡面，大夫没法进行洗牙。因为溃疡面是一个敞开的创面，细菌、病毒会从创面入侵，所以临床不主张在发生溃疡时洗牙。因为溃疡并不影响洗牙，但洗牙时，首先医生很难操作，患者会发生疼痛。其次溃疡的创面，如果存在细菌便可由此侵入人体。因为黏膜实际是起到很好的保护作用，溃疡的部位没有黏膜的覆盖，所以细菌能够从此侵入。
其实牙周洁治术，也会形成菌血症，所以可以等溃疡愈合再洗牙。除非溃疡特别严重无法愈合，特别需要牙周洁治时，可进行选用。一般最常见的是复发性口腔溃疡，7-10天便可痊愈，痊愈后可进行洗牙，以减少在洗牙中发生感染的几率，同时也减少疼痛。及时在发生溃疡时刷牙，患者也应尽可能避开溃疡部位，即不可激惹溃疡面而发生疼痛，主要也是为保护患者自己的健康。
