通过MRI可以区分脑皮层和脑白质，位于大脑表面的在T1加权像信号偏高，T2加权像信号偏低的是脑皮层。位于大脑内部的在T2加权像信号偏低面积较大的是脑白质。疾病发生的位置不同，则临床表现和治疗措施不同。发生在脑皮层的疾病如胶质瘤，症状表现为癫痫或意识问题如计算能力下降。发生在脑白质的疾病如白质髓鞘脱失、炎性脱髓鞘、转移瘤等。