硫酸羟氯喹主要可以用于治疗免疫系统的相关疾病，羟氯喹通过多种途径用于疾病的治疗，其作用机制既包括与巯基的结合，也可能会涉及到对酶的影响。另外，羟氯喹还对溶酶体膜具有一定的作用，同时还可能通过对某些免疫相关细胞的抑制作用，起到免疫抑制的效果。除此之外，羟氯喹可能对于细胞因子，也具有一定的调控作用。

此药物在临床上主要用于自身免疫性疾病的患者，可以用于类风湿性关节炎的患者，也可以用于系统性红斑狼疮的患者。除此之外，硫酸羟氯喹还可以用于其他的免疫系统疾病。在使用硫酸羟氯喹时需要注意，硫酸羟氯喹有可能导致患者出现视力的改变。因此在用药前，以及用药期间和用药后，都应该注意眼部的检查，包括视力、视野，以及色觉等多方面检查。