男性尿道疼痛最常见的病因为尿路感染，同时应观察有无合并其它症状，如尿频、尿急、尿道有无异常分泌物，其次为是否存在前列腺炎。其它原因相对少见，如膀胱结石，伴尿流中断、尿道疼痛症状。

还应分析伴随尿痛症状的时间点，是排尿初始期、终末期或全程。整个过程都疼痛，考虑尿路感染；在初始期或是终末期疼痛，考虑前列腺炎。治疗应根据尿常规等检查结果进行处理。若为尿路感染可给予抗菌素治疗；若为前列腺炎可根据亚型不同进行药物处理，应用或不用抗菌素。