合理应用抗菌药物，应该注意以下几个问题：

1、要尽早确定病原菌，尽量在应用抗菌药物之前，从病人的感染部位的血液、痰等取样，进行细菌培养和药敏试验，从而针对性地进行选药。如果病人感染比较重，在取样送培养之后，根据感染的情况，推测可能的致病菌，结合抗菌药物的特点，选择适当的药物，进行经验性的治疗。

2、根据药物的抗菌谱进行选药，选择在感染的部位达到有效浓度的药物，选药时还需要综合考虑病人的全身状况、肝肾功能状态、细菌耐药的可能性、药物的不良反应、药物的来源、药物的价格等因素，科学进行选药。

3、恰当合理的进行联合用药，联合用药要有适应证，联用之后要产生相加或者是协同作用，从而可以提高疗效，并且能够减少用药剂量，降低药物的毒性和不良反应。

4、防止抗菌药物不合理应用，病毒感染的时候不用，原因不明发热的时候一般不用，尽量避免局部应用抗菌药物。应用抗菌药物时剂量要适宜，疗程要足。

5、新生儿和儿童、孕妇、哺乳期女性选药的时候一定要慎重，一定要选择安全性的药物。