眨眼时眼睛疼痛，需要根据病因分析处理方法，具体如下：

1、眼睑麦粒肿：为较常见的原因，如果是细菌导致睑板腺、睑缘腺，甚至睫毛根部毛囊的炎症，在炎症早期，眼睑开闭会引起眼轮匝肌对睫毛根部牵拉，引起疼痛刺激。所以在麦粒肿早期，患者可以出现明显的眨眼痛，需要局部点用抗生素滴眼液，局部热敷，联合局部涂用抗生素眼膏，一般在炎症早期，能起到比较好的治疗效果；

2、角膜炎或者结膜炎：尤其是角膜炎，患者可以局部点用抗生素，或者抗病毒眼药水，对炎症进行压制，对睁眼、闭眼引起的眼痛可以有明显改观；

3、电光性眼炎：通常为接触紫外线所致，可以通过局部点用表麻药，甚至局部点用镇痛药，症状可得到明显改善和控制。