怀孕3个月时，如出现胚胎停育，一般无任何临床症状，有时可能伴轻微腹痛，或轻重程度不等的阴道出血，多数患者无明显临床症状，尤其是怀孕11-12周时，进行胎儿颈后透明带厚度测定的超声检查过程中，意外发现胚胎停育。所以胚胎停育多数发生于孕早期，且一般无任何典型临床症状。
如果患者有出血、腹痛等症状，其自身可能知道发生先兆流产，并会及时前往医院进行检查，明确诊断后给予相应的治疗。相反，胚胎停育常伴宫腔内孕囊持续性存在，甚至增长，胎芽可能生长到一定程度后，胎心消失。由于体内激素水平持续处于高值，所以孕妇可能没有任何腹痛、出血症状，有时可能仍然有早孕反应，所以患者通常无任何准备，在进行超声检查时发现胚胎停育，在孕妇心里造成较大创伤。
