多数胆道疾病治疗时可能需要进行胆肠吻合，比如多发性肝内胆管结石、胆道肿瘤，或者先天性的疾病，比如胆总管囊肿等。

胆肠吻合通常是肝胆管、胆总管、胆囊和肠道进行吻合，多数选用空肠进行吻合，少数情况下选用十二指肠进行吻合。吻合后最主要的问题是早期部分人可能会出现吻合口的愈合不良，导致出现胆瘘，患者的胆汁漏到腹腔。如果有引流管将胆汁及时引出，则不会有太大问题；而如果胆汁漏到腹腔，则可能会继发感染。长此以往可能引发并发症，比如胆肠吻合口狭窄。出现胆肠吻合口狭窄后，患者还可能会出现逆行性感染，即由于肠道内容物进入胆道并引起发烧。