巧克力囊肿术后通常注射GnRH-α，即促性腺激素释放激素激动剂，目的是起到暂时药物性卵巢切除的作用，模拟进入绝经期的状态，所以患者会出现类似更年期的症状，如潮热、阴道干涩甚至性欲减退及骨质疏松等。多数症状在停药后会消失，但骨质疏松可能需一年才能恢复。

临床注射GnRH-α不会超过6针，骨质疏松也不会出现。虽然可能有副作用，但在注射3-6针时可以用反向添加，即加少量的雌激素，既不至于引起疾病复发，又可以缓解潮热及类似更年期的症状，通过反向添加预防副作用的出现。虽然打针有一定的副作用，但对于巧克力囊肿患者或子宫内膜内异症的患者而言，利大于弊。