直肠镜目前已经很少做，主要是从肛门进去检查直肠，一般都是结肠镜。结肠镜即大肠镜，将直肠包含在内，因为直肠很短，就10-15cm。通过肛门进去第一段是直肠，过了直肠会有乙状结肠、降结肠，还有横结肠、升结肠、盲肠，甚至小肠末端。
目前结肠镜技术普及，以及医生水平提高，绝大多数的结肠镜检查、肠镜检查都能检查到小肠末段。对于直肠，若只检查这一段，没有太大必要，通常会将整个肠道都都检查。
如便血，直肠如果有便血，怀疑直肠肿瘤，检查时由于不能保证离直肠很近的乙状结肠不会有问题，一般都会检查到尽头。
直肠镜可能是指肛肠科使用的肛肠镜，与消化科用的大肠镜不一样，是经过肛门在直视下大概观察直肠，与电子肠镜不完全一样。主要用来检查肛门附近区域有没有痔疮，对于检查息肉这类病变没有太大帮助。目前用得相对较少，只在肛肠科的初步检查使用。
