现在已经批准上市的流感疫苗有三价灭活流感疫苗和四价灭活流感疫苗，三价流感疫苗包括裂解疫苗和亚单位疫苗。亚单位疫苗是经过纯化去除内部的亚病毒核心，四价是仅有裂解疫苗，不经过纯化步骤，其含有更多的蛋白质，会引起更多的反应。
接种流感疫苗是安全的，但会出现不良反应。比如局部反应，接种部位会出现红晕、肿、痛、硬结、烧灼样感觉等。全身反应会有发热、头痛、头晕、嗜睡、乏力、肌肉疼、全身酸痛、恶心、腹痛或者腹泻等。这些症状通常是轻微的，并且在几天内都会消失，很少会出现重症反应。现在研究的四价和三价灭活疫苗，在安全性上没有差别，国产和进口疫苗相比，安全性也没有显著差异。