黄连可以治疗口臭，产生口臭的原因是清阳不升、浊阴不降，臭秽之气不能往从下面排出，逆而向上时就可以从口腔产生口臭。口臭产生的核心病机是气机紊乱、升降失常，所有治疗升降失常的药物，都有可能用来治疗口臭。黄连性味苦寒，入心经和胃经，具有清热、燥湿、泻火、解毒的作用，尤其擅长于清心火和胃火。
中医有一种说法叫辛开苦降，而辛味药有开散的作用，苦味药有降逆的作用，比较代表的方剂有大黄黄连泻心汤或半夏泻心汤，都是利用黄连苦降的作用。正因为黄连有苦能降胃气的作用，可以让浊气向下走，所以黄连能有效治疗口臭。黄连主要针对胃火炙盛导致的口腔异味，有明确的治疗效果。所以在临床上遇到胃热导致口臭的患者，加上几味黄连，通常可以收到较好的效果。
