进食障碍的患者常常有治疗动机不足，抵触甚至拒绝治疗的问题存在。严重的低体重患者，常常因为加重了病态歪曲的认知，而加大了治疗障碍、加大了治疗难度；对体重指数15以上，没有其它严重的合并症而且有治疗动机的患者，可以尝试在门诊强化治疗。如果治疗有效就可以继续治疗，否则就需要住院治疗。住院治疗主要解决严重营养不良，严重合并症。增强患者对疾病的认识，增强治疗动机，保证出院之后的后续治疗成为可能。
门诊治疗常常需要持续一年甚至更长的时间。治疗主要包括躯体辅助治疗，包括营养重建和治疗并发症。心理治疗包括行为治疗，支持治疗、认知治疗以及家庭治疗等。精神药物的治疗主要是对症治疗，应该选用不良反应比较小的药物，而且剂量要从小剂量开始为宜。
