所有癌症包括鼻咽癌都是综合因素作用所致，目前病因尚不明确，所以防治较为困难。通过大量的临床实验研究，发现鼻咽癌患者的癌细胞里面EB病毒的拷贝数较高，所以认为EB病毒是诱发鼻咽癌的主要原因。还有一些其他原因，如空气污染，食品中亚硝酸盐的污染等。鼻咽癌具有家族遗传史，因此遗传因素也是鼻咽癌病因中的一种。