第二代试管婴儿缺点与人为操作有关，正常情况下，胎儿皆为自然受孕情况下出生。而任何技术皆存在缺点，具体缺点如下：

1、试管婴儿操作时，将精子注入卵子可对精子内部造成稍许损伤，但肉眼无法看出；

2、第二代试管婴儿受精率高，但优胚率、囊胚率及妊娠率，与新鲜试管婴儿差别不大；

3、流产率约高于5%，高于体外第一代试管婴儿。