阴茎勃起后龟头疼痛的原因如下：

1、阴茎发育不良导致勃起疼痛：建议到正规医院进行检测是否存在包皮过长、包茎等问题，若存在，可采用器官修复或康复等治疗方法；

2、炎症感染引起阴茎勃起后龟头疼痛：如尿道炎、龟头炎、前列腺炎、精囊炎等，治愈炎症即可；

3、一过性的疼痛，进行局部处理即可，如有明确病因，去除病因，疼痛即可消失。