胃肠道间质瘤可分为良性、潜在恶性、恶性三类。根据其四个亚型以及肿瘤大小和细胞核分裂情况可进一步分类，具体如下：

1、平滑肌分化型有良性肿瘤的可能性；神经分化型多为恶性肿瘤；平滑肌和神经共同分化及未分化型多为潜在恶性、恶性肿瘤；

2、根据肿瘤大小、分裂象判断恶性标准：胃内肿瘤＞5.5cm、小肠肿瘤＞4cm多为恶性；高倍视野下，超过5个分裂象的胃内肿瘤、超过1个分裂象的小肠肿瘤多为恶性。