胃肠道间质瘤如治疗得当，有痊愈的可能性。具体预后与肿瘤大小、分期、治疗效果有关，胃肠道间质瘤恶性程度不高，但术后易转移、复发。临床统计数据显示胃肠道恶性间质瘤，10年生存率在48%，如生长在食管、胃部，治疗效果相对较好，10年生存率在70%以上；若生长在肠道内，10年生存率仅为17%左右，仅有部分患者能够痊愈。