小儿生殖细胞瘤与恶性肿瘤的治疗方法相同，包括手术、放疗、化疗。其分为生殖细胞瘤和非生殖性生殖细胞肿瘤两类。通过手术治疗可明确病理诊断，若为非生殖性生殖细胞肿瘤（胚胎癌、畸胎瘤、绒癌，卵黄囊瘤）对放疗不敏感，需尽可能将肿瘤切除，减少残留，后续进行放疗、化疗，效果较好。另外，还有放射治疗，顾名思义即为放射线治疗，目前主要是用直线加速器及质子放疗，生殖细胞瘤对直线加速器放疗较为敏感，效果较好，患者十年生存率可以达90%以上；质子放疗为我国新型的放射线治疗设备，其治疗效果、副作用均优于直线加速器放疗。