甲状舌骨囊肿与鳃裂囊肿均表现为颈部肿块，区别如下：

1、发病机制不同；

2、肿物位置不同：甲状舌骨囊肿的肿块位于颈部正中颌下，可偏上或偏下，但不会偏向两侧。而鳃裂囊肿的肿块位于颈部的左侧或者右侧，不在正中位置，诊断时有左、右之分；

3、治疗不同：治疗鳃裂囊肿或者鳃裂瘘管时，无论肿块部位，完整切除囊肿或者瘘管即可。而甲状舌骨囊肿除了切除囊肿、瘘管外，还需要切除舌骨中部囊肿生发的基底。如果将舌骨中部切断后，可以明显降低复发的概率。相对而言，甲状舌骨囊肿手术比鳃裂瘘管手术更加复杂。