甲状腺手术全身麻醉和普通手术全身麻醉的副作用几乎是相同的，但甲状腺手术位于颈部，位置较为特殊，患者的感受可能非常不舒适，因此，使用全身麻醉。全身麻醉会影响中枢神经系统、循环系统以及呼吸系统，甲状腺手术还与甲状腺的大小密切相关，如果甲状腺比较大，压迫了气管，患者术后需搭建气管，与所使用的麻醉药无关，为甲状腺手术的一个并发症。