矮小症的病因复杂，常见原因如下：

1、非内分泌相关性矮小：如家族性矮小、营养不良性矮小；

2、生长激素缺陷性矮小：如释放激素缺陷、垂体异常、胰岛素生长因子异常；

3、颅脑炎症、肿瘤性矮小；

4、其它病因：包括性早熟、甲状腺功能减低、先天性卵巢发育不良、染色体异常等。身材矮小的原因相对复杂，需通过专业医生检查、诊断，明确矮小症的原因，进一步采取针对性治疗。